Très tôt après la mort de Willibrord, en 739, sa vénération comme saint se répandit ; sa dépouille mortelle, ensevelie initialement sous terre, fut élévée dans un tombeau placé sous le maître-autel. Son culte, répandu d’abord dans les régions qu’il avait missionnées, connut une grande expansion suite aux biographies rédigées par Alcuin et l’abbé Thiofrid. Peu à peu son nom fit son entrée dans les calendriers et les bréviaires et une messe propre au saint est connue. Des reliques furent accordées à beaucoup d’églises. Ses ossements, cachés dans un endroit secret lors de l’invasion des Normands, furent recherchés et retrouvés à l’occasion de la consécration de l’église reconstruite en 1031. Après la dissolution de l’abbaye suite à la Révolution Française, le sarcophage prit place dans l’église paroissiale Sts-Pierre-et-Paul. En 1906, il fut reconduit solennellement dans l’église abbatiale reconstruite et placé dans un monument funéraire en marbre.

Messe en l’honneur de St Willibrord
Chaque lundi à 9 heures, une messe en l’honneur de St Willibrord est célébrée devant le tombeau du saint dans la crypte de la basilique. Les intentions de prière, communiquées au curé-doyen, y sont confiées à la prière des assistants et à l’intercession du saint.